Geneious Prime 2020是一款專業(yè)的生物學(xué)分析軟件。該軟件完美支持?jǐn)?shù)據(jù)的管理操作，支持快速拖放插入數(shù)據(jù)，能夠快速查和分析，包含與序列和遺傳相關(guān)的所有數(shù)據(jù)，在設(shè)計(jì)和構(gòu)建方面完全沒有任何的限制。

【功能特點(diǎn)】

　　一、解鎖序列數(shù)據(jù)的值

　　1、序列分析與基因組學(xué)

　　友好的直觀界面，包含用于Sanger，NGS和長讀序列分析的基本基因組學(xué)工具，包括成對和多重比對，從頭組裝，作圖，表達(dá)分析，變體調(diào)用，NGS可視化，序列和色譜圖分析，自動(dòng)注釋，以及系統(tǒng)樹的構(gòu)建。

　　2、分子生物學(xué)

　　在一個(gè)界面中執(zhí)行各種克隆和引物設(shè)計(jì)操作。自動(dòng)注釋質(zhì)粒圖譜和表達(dá)載體。模擬各種分子克隆操作，包括限制性克隆，Gibson組裝，Gateway克隆和TOPO克隆。設(shè)計(jì)和測試引物，找到CRISPR位點(diǎn)，并優(yōu)化密碼子。

　　3、數(shù)據(jù)管理

　　只需拖放即可以通用文件格式（包括Genbank，SnapGene，F(xiàn)ASTQ，F(xiàn)ASTA，BAM，VCF，GFF）導(dǎo)入，導(dǎo)出和轉(zhuǎn)換序列，注釋和注釋，或?qū)胪暾腣ector NTI數(shù)據(jù)庫。通過自動(dòng)過濾文檔過濾，批處理重命名和文檔歷史記錄的方式來安排和瀏覽數(shù)據(jù)庫。適用于Mac，Windows和Linux。

　　二、您科學(xué)研究的中堅(jiān)力量

　　1、自動(dòng)化

　　創(chuàng)建自己的自動(dòng)化工作流程或使用內(nèi)置的工作流程來提高效率，控制業(yè)務(wù)流程并減少研究中的人為錯(cuò)誤。直接連接到數(shù)據(jù)庫，包括UniProt，NCBI（Entrez），BLAST和PubMed。數(shù)據(jù)庫搜索可以自動(dòng)進(jìn)行，使您能夠連續(xù)接收有關(guān)基因組，序列和蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的最新信息。

　　2、合作

　　借助基于文件夾的直觀組織和無縫集成的共享數(shù)據(jù)庫，可跨團(tuán)隊(duì)轉(zhuǎn)換數(shù)據(jù)管理，提高流程效率并改善協(xié)作。還可以購買Geneious Server數(shù)據(jù)庫，以更高級別的控制權(quán)和更高的安全性來購買貴組織通過標(biāo)準(zhǔn)共享數(shù)據(jù)庫進(jìn)行的數(shù)據(jù)訪問。

　　3、定制

　　通過我們可用于組裝，比對，系統(tǒng)發(fā)育等的插件集合，擴(kuò)展Geneious Prime的功能。與現(xiàn)有系統(tǒng)集成，并使用高度可互操作的API添加您自己的自定義算法。

　　三、慷慨的總理已涵蓋

　　1、NGS預(yù)處理

　　導(dǎo)入Illumina，PacBio和NanoPore讀取

　　修剪，過濾和解復(fù)用單端和成對端數(shù)據(jù)

　　合并配對的讀

　　重復(fù)數(shù)據(jù)刪除

　　錯(cuò)誤糾正和規(guī)范化

　　濾除嵌合體

　　2、制圖和重新組裝

　　只需在業(yè)界領(lǐng)先的制圖算法和從頭組裝算法之間切換

　　支持匯編Sanger和NGS數(shù)據(jù)，包括任何長度的Illumina，PacBio和Oxford納米孔讀取，包括雙端讀取和混合裝配

　　組裝微生物基因組，質(zhì)粒和其他環(huán)狀序列時(shí)產(chǎn)生環(huán)狀重疊群

　　基因組比較和MAUVE基因組比對結(jié)束

　　映射程序包括Geneious，Geneious for RNA Seq，BBMap，Minimap2，Bowtie2和TopHat

　　從頭組裝算法，包括Geneious，SPAdes，F(xiàn)lye，MIRA，Tadpole和Velvet

　　3、變體調(diào)用和表達(dá)分析

　　使用Geneious或FreeBayes調(diào)用SNP /變體

　　使用同步的基因組視圖對表格結(jié)果進(jìn)行實(shí)時(shí)過濾

　　在映射的RNA-seq數(shù)據(jù)上計(jì)算和比較表達(dá)水平

　　使用PCA和火山圖進(jìn)行可視化

　　4、序列分析

　　修剪，組裝和查看Sanger測序跟蹤文件

　　更正基礎(chǔ)調(diào)用并創(chuàng)建共識序列

　　注釋主題，ORF和重復(fù)

　　預(yù)測基因和結(jié)構(gòu)元素

　　通過針對數(shù)據(jù)庫的相似性搜索進(jìn)行實(shí)時(shí)注釋

　　快速翻譯選擇內(nèi)容，或顯示注釋或所選框架的翻譯

　　動(dòng)態(tài)圖和統(tǒng)計(jì)信息，用于序列特性，例如pI，分子量，熔點(diǎn)，AA組成等

　　5、序列比對

　　DNA或蛋白質(zhì)的多重和成對序列比對，包括全基因組比對

　　與包括Geneious Aligner，MUSCLE，MAFFT，Clustal Omega，MAUVE和LastZ在內(nèi)的可信算法保持一致

　　使用實(shí)時(shí)翻譯和突出顯示查看和編輯路線

　　6、系統(tǒng)發(fā)育學(xué)

　　使用Geneious樹構(gòu)建器，MrBayes，PAUP *，PhyML，RAxML等構(gòu)建樹

　　可視化，編輯和標(biāo)記您的樹

　　交互式距離矩陣查看器

　　出版物質(zhì)量出口

　　7、微衛(wèi)星分析

　　導(dǎo)入原始ABI跟蹤文件

　　修剪，預(yù)測和手動(dòng)調(diào)整峰

　　Bin進(jìn)入等位基因

　　產(chǎn)生等位基因調(diào)用的表格輸出

　　8、分子克隆

　　查看質(zhì)粒圖譜，自動(dòng)注釋載體以及帶有注釋的復(fù)制粘貼序列

　　一步式GoldenGate（IIS類型）和限制克隆

　　基于同源性的克隆，包括Gibson，GeneArt和In-Fusion

　　TOPO克隆

　　克隆操作的父母/后代血統(tǒng)追蹤

　　密碼子優(yōu)化和反向翻譯

　　沉默突變分析以發(fā)現(xiàn)潛在的限制性酶切位點(diǎn)

　　模擬PCR，消化和連接

　　CRISPR站點(diǎn)查找器

　　9、底漆設(shè)計(jì)

　　自動(dòng)設(shè)計(jì)針對任何靶標(biāo)區(qū)域或整個(gè)序列的PCR和測序引物以及雜交探針

　　在序列視圖中輕松添加引物

　　設(shè)計(jì)基本和簡并PCR引物

　　在設(shè)計(jì)過程之前，之中或之后添加和刪除引物序列的延伸

　　引物特異性測試，以檢查模板序列上是否有其他結(jié)合位點(diǎn)

　　篩選物理性質(zhì)，發(fā)夾和引物二聚體

　　以FASTA，電子表格或GenBank格式拖放引物

【軟件亮點(diǎn)】

　　1、分析CRISPR編輯結(jié)果（2020.2）

　　輕松對齊，聚類和可視化CRISPR編輯實(shí)驗(yàn)中的NGS讀數(shù)。通過您選擇的應(yīng)用程序（包括HDR，NHEJ和基礎(chǔ)編輯器）分析變體的頻率及其蛋白效應(yīng)。

　　2、增強(qiáng)型搜索選項(xiàng)（2020.2）

　　通過一個(gè)統(tǒng)一的界面快速訪問您的文檔，文件夾，分析工具和最近查看的項(xiàng)目。

　　3、密碼子優(yōu)化和反向翻譯改進(jìn)（2020、2020.1和2020.2）

　　2020.2 –將鼠標(biāo)懸停在優(yōu)化密碼子上，以獲取有關(guān)同義密碼子及其頻率的更多信息。

　　2020.1 –為模型生物定制密碼子優(yōu)化參數(shù)。

　　2020年–全新的密碼子優(yōu)化算法使您可以通過從蛋白質(zhì)或核苷酸序列開始生成新序列，來匹配所選生物體的密碼子用法。

　　4、分析CRISPR編輯結(jié)果的新工具

　　從CRISPR編輯實(shí)驗(yàn)的結(jié)果中比對NGS測序并使其聚類

　　支持各種應(yīng)用程序，包括HDR，NHEJ和基本編輯器

　　可視化與未突變參考序列相比的變體

　　分析變體的頻率及其蛋白效應(yīng)

　　5、增強(qiáng)的搜索界面

　　使用文本查詢從單個(gè)統(tǒng)一界面實(shí)時(shí)搜索文件夾和文檔

　　搜索Geneious Prime中可用的分析工具（操作）的新功能

　　輕松訪問其他高級搜索選項(xiàng)

　　快速訪問最近查看的文件夾和文檔

　　6、密碼子優(yōu)化改進(jìn)

　　有關(guān)優(yōu)化密碼子注釋的信息工具提示可在所選密碼子使用表中提供有關(guān)同義密碼子及其頻率的信息

　　現(xiàn)在，在通過選擇注釋優(yōu)化選擇的區(qū)域時(shí)，將考慮包括方向性和CDS codon_start信息在內(nèi)的注釋屬性

　　當(dāng)以多個(gè)間隔優(yōu)化選定注釋時(shí)，跨間隔優(yōu)化選擇，并且允許密碼子跨越相鄰間隔

　　當(dāng)優(yōu)化反向選擇區(qū)域時(shí)，反向互補(bǔ)序列現(xiàn)在已優(yōu)化